نخستین برگزیدن رهبر ایران در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ خورشیدی پس از درگذشت سید روح‌الله خمینی رهبر وقت جمهوری اسلامی ایران، در جلسه‌ای فوق‌العادهٔ مجلس خبرگان رهبری برگزار شد. در این جلسه سید علی خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت، به عنوان رهبر موقت جمهوری اسلامی ایران برگزیده شد. پیش از این، نخست خبرگان حسینعلی منتظری را با رأی قریب به اتفاق، از قائم‌مقامی رهبری برکنار نمودند.

سید علی خامنه‌ای، شرط مرجعیت را که یکی از شرط‌های لازم رهبری در قانون اساسی بود نداشت، از این رو مجلس خبرگان وی را به عنوان رهبر موقت جمهوری اسلامی ایران تا زمان برگزاری همه‌پرسی قانون اساسی جدید انتخاب شد، در آن تاریخ قانون اساسی به دستور سید روح‌الله خمینی در دست بازنگری بود. البته سمت «رهبر موقت» در قانون اساسی وقت ذکر نشده‌بود و موقت بودن این انتخاب نیز به اطلاع عموم نرسید. از ۸۰ عضو مجلس خبرگان، ۷۴ نفر در جلسه حاضر بودند که از این تعداد، ۶۸ نفر به سید علی خامنه‌ای رأی دادند.چند روز پس از همه‌پرسی بازنگری قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران (۶ مرداد ۱۳۶۸) و رسمیت یافتن قانون جدید و حذف «مرجعیت» از شروط رهبری، خبرگان مجدداً تشکیل جلسه می‌دهند و در رای‌گیری مجدد، رهبری سید علی خامنه‌ای با ۶۰ رأی از ۶۴ عضو حاضر، به تصویب می‌رسد.